Babur meletakkan pasukan kavalri di barisan kedua dan ia telah dibahagikan kepada tiga kumpulan. Pasukan sayap kanannya ditempatkan mengadap ke kota Panipat dan pasukan sayap kirinya pula dilindungi oleh parit dan pasak. Beliau bersama pengawalnya berada di pasukan tengah kavalri. Barisan pertama tentera Babur terdiri daripada infantri dan terdapat wagon disusun di hadapan mereka. Wagon tersebut berperanan sebagai kubu bagi pasukan pemanah dan tentera bersenapang memerlukan sudut dongakan. Terdapat jurang antara setiap wagon bagi membolehkan meriam melepaskan tembakan.

Tentera Ibrahim Lodi meletakkan tentera bergajah di pasukan hadapan manakala kavalri pula di barisan kedua serta infantri mengisi barisan yang ketiga. Sultan bersama 5,000 orang pengawal berada di pasukan belakang. Beliau pasti jumlah tenteranya akan menentukan hari pertempuran ini. Jadi, beliau mengarahkan semua tenteranya melancarkan serangan secara langsung. Gajah-gajah yang berada di hadapan menghadapi ketakutan apabila mendengarkan bunyi yang asing daripada meriam Mughal. Gajah tersebut terus berhenti sekali gus merencatkan serangan ini. Pasukan sayap kiri Ibrahim cuba untuk menyerang pasukan sayap kanan musuh tetapi pasukan tengah musuh kemudian datang memberikan bantuan lalu menjadikan serangan ini dapat dihalang.

Oleh kerana gajah-gajah dari pasukan Lodi sama ada terbunuh ataupun lari bertempiaran, ia telah memperlihatkan perintah sultan telah hilang dan Babur meghantar pasukan sayap kiri dan sayap kanannya untuk cuba menyepit masuk ke dalam tentera musuh. Perkara ini memaksa pasukan sayap kiri dan sayap kanan musuh juga beralih terhadap pasukan kavalri Babur. Secara tidak langsung, pasukan tengah musuh terdedah kepada serangan daripada pasukan penembak dan artileri Babur yang ditempatkan di belakang wagon. Kemudian, Babur sendiri turun ke medan pertempuran bersama pengawalnya. Tentera Lodi kini berada dalam kepungan yang sukar. Sultan Ibrahim Lodi mara ke hadapan untuk menaikkan semangat juang tenteranya tetapi ia terlalu lewat untuk mengubah skrip pertempuran ini apabila sultan tersebut akhirnya terkorban. Pertempuran berakhir ke penghujungnya.